In English
Nodens leiarar: Gonzalo S. Nido og Dimitrios Kleftogiannis
Dr. Gonzalo S. Nido jobbar som seniorforskar ved Universitetet i Bergen, der han spesialiserer seg på å analysere store og komplekse biologiske datasett. Han har meir enn ti års erfaring med å undersøke korleis arvemateriale og protein samverkar i kroppen, og korleis dette kan endre seg ved sjukdom. Han har særleg forska på Parkinsons sjukdom, og har vore med på å oppdage nye biomarkørar som kan hjelpe oss å forstå sjukdomen betre.
Dr. Dimitrios Kleftogiannis er seniorforskar på bioinformatikk ved Universitetet i Bergen, og ekspert på å bruke datamaskiner til å tolke store mengder biologisk informasjon. Han analyserer data frå moderne teknologiar som Next Generation Sequencing (NGS), massecytometri (CyTOF) og avbildning av massecytometri (IMC), som måler innhald og aktivitet i cellene våre. Han jobbar òg med kunstig intelligens og maskinlæring for å finne mønster i data som kan avsløre nye behandlingsmål for multippel sklerose.
Frå store datamengder til ny kunnskap
Systemmedisin står sentralt i Neuro-SysMed sin forskingsstrategi. Ved å kombinere biologiske prøvar, kliniske data, avansert avbilding og laboratoriefunn kan forskarane byggje eit meir heilskapleg bilete av komplekse nevrologiske sjukdomar.
Systembiologi- og bioinformatikknoden samlar og analyserer store mengder data frå både pasientar og forskingsprosjekt. Ved hjelp av avanserte statistiske metodar og kunstig intelligens kan forskarane:
- identifisere nye biomarkørar
- oppdage undergrupper av sjukdomar
- forstå kvifor sjukdom utviklar seg ulikt frå person til person
- forutseie behandlingsrespons
- leggje grunnlaget for meir persontilpassa behandling
Aktuelle prosjekt:
-
ParkOme-initiativet: Dette er eit omfattande forskingsprosjekt som kombinerer biologiske data og klinisk informasjon for å forstå Parkinsons sjukdom betre. Forskarane kartlegg fleire biologiske nivå samstundes, mellom anna:
- arvemateriale (genom)
- genregulering (epigenom)
- genaktivitet (transkriptom)
- proteinuttrykk (proteom)
Ved hjelp av ny teknologi kan dei også studere enkeltceller og sjå kor i hjernen ulike biologiske prosessar skjer. Målet er å identifisere biomarkørar og nye mål for behandling.
-
MS og enkeltcelle-omikk:
Noden leier fleire prosjekt som kombinerer enkeltcelleanalysar, biologiske stordata og klinisk informasjon frå personar med MS. Forskarane undersøker immuncellene i både blod og spinalvæske for å forstå korleis immunsystemet oppfører seg ved ulike former for MS og under ulike behandlingar.
Ved hjelp av maskinlæring kan dei identifisere:
- immuncelletypar som er knytte til sjukdomsaktivitet
- biologiske prosessar som påverkar sjukdomsutvikling
- endringar som skjer etter behandling
- biomarkørar som kan hjelpe ved val av behandling
Arbeidet omfattar mellom anna pasientar frå SMART-MS-, RAM-MS- og OVERLORD-MS-studiane.
Noden bidreg også til store internasjonale samarbeid, inkludert 3TR-konsortiet, der Universitetet i Bergen er ein aktiv partnar.
Viktige milepælar:
Enkeltkjerne-sekvensering ved parkinsonsjukdomar
Noden har analysert nær 250 000 cellekjerner frå personar med progressiv supranukleær parese (PSP) og kortikobasal degenerasjon (CBD).
Analysane har avdekt nye, celle-spesifikke endringar i genaktivitet som kan bidra til å forklare sjukdomsutviklinga.
Nye undergrupper av Parkinsons sjukdom
Noden har identifisert to biologisk ulike undergrupper av Parkinsons sjukdom basert på funksjonen til cellene sine energifabrikkar, mitokondria.
Desse gruppene har både ulike biologiske kjenneteikn og ulik klinisk profil, noko som kan få betydning for framtidig persontilpassa behandling.
Kartlegging av genaktivitet i hjernen
Genaktiviteten er kartlagd i meir enn 1300 hjerner frå personar med nevrodegenerative sjukdomar.
Arbeidet resulterer i ein offentleg tilgjengeleg database som vil vere ein viktig ressurs for forskarar over heile verda.
Storskala enkeltcelleanalyse ved MS
Noden har samla inn og analysert meir enn 200 millionar enkeltceller frå deltakarar i fleire kliniske MS-studiar.
Gjennom avanserte bioinformatiske analysar har forskarane fått ny innsikt i:
- gjenoppbygging av immunsystemet etter behandling
- endringar i immunceller over tid
- biologiske mekanismar som er knytte til ulike terapiformer
Dette kan bidra til meir målretta og persontilpassa behandling av MS.
Infrastruktur og nye moglegheiter
Noden har også sikra finansiering til fleire prosjekt som undersøker immunologiske signaturar i blod og spinalvæske hos personar med MS.
Dette har lagt grunnlaget for ein avansert plattform for multimodale omikkanalysar, der forskarane kan samanlikne biologiske prosessar på tvers av ulike prøvetypar og sjukdomsstadium.
I tillegg har Neuro-SysMed investert i den høgoppløyselege 10X Xenium-plattforma for romleg transkriptomikk. Teknologien gjer det mogleg å studere genaktivitet direkte i vev og samtidig sjå nøyaktig kvar i vevet ulike biologiske prosessar finn stad. Plattformen blir teken i bruk frå 2026.
Forskinga frå Systembiologi- og bioinformatikknoden har resultert i ei rekkje publikasjonar i leiande internasjonale tidsskrift og presentasjonar på store vitskaplege konferansar. Arbeidet har fått betydeleg merksemd internasjonalt og bidreg til å utvikle nye verktøy for diagnostikk, pasientinndeling og behandling av nevrologiske sjukdomar.